cia 나 3ds 파일을 분해 하시면 파일들이 따로 분해가 되어 폴더로 저장됩니다.
그 분해된 파일들에 덮어 씌우신 후 다시 빌드해주시면 됩니다.
옛날 방법이긴 하지만
http://www.fafan.kr/board/view.aspx?id=ndsbbs&rno=13021참고하시면 되겠습니다.
갓모드를 이용하여 암호화 복호화 하는 방법이 있는 것으로 압니다.
*.romfs의 경우 다른 방법으로 파일을 분해하여 romfs 폴더 내의 파일을 추출하는 방법이 따로 있는 것으로 알고있습니다.