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2001년~2011년 연재 완결

연금술사 에드워드 엘릭은 동생 알폰스 엘릭과 함께 죽은 어머니를 되살리기 위해 인체연성을 시도하였지만 실패하였다.

그 대가로 에드워드는 왼쪽 다리와 동생을 잃고 말았으며, 동생을 구하기 위해 자신의 오른팔을 희생하여 동생의 혼을 갑옷에 정착시킨다. 이들 형제는 잃어버린 것들을 되찾기 위해 전설로만 전해지던 현자의 돌을 찾는 여정을 시작하였으며, 그 속에서 밝혀지는 현자의 돌에 얽힌 커다란 음모에 휘말린다.