외국 사이트에서도 검색해봤는데 

정석은 Nintendo3DS 안의 에뮤 폴더 백업, 에뮤낸드 백업->에뮤낸드 초기화->아이디 접속->에뮤 폴더, 에뮤 백업 복구

이런 것 같았습니다. 하지만 이럴 경우 새로 만든 아이디로 접속할 수 없다는 점 때문에 헤맸습니다. 3ds를 중고로 구매해서 NNID 패스워드를 몰랐거든요. 복구하면 다시 예전 아이디로 돌아갔습니다. 그래서 차라리 '아이디 접속'단계에서 SD카드 싹 밀어버리고 처음부터 다시 깔았습니다. 에뮤 최신 버전으로 올리고 나니까 이제 잘 되네요.

세이브가 거슬린다면 더 번거로울 수 있겠지만, 자료 찾다 너무 귀찮아져서 세이브는 스킵했습니다. 저는 에뮤 처음 설치한 지 얼마 안 되서 버릴 것도 별로 없었습니다. 마리오카트, 포켓몬 그림 같은 건 얼마든지 다시 깨면 되니까...