「페르소나 3」의 세계는, 1일과 1일간에 「그림자 시간」이라고 불리는“보통이 아닌 시간”이 존재한다.그것은 매일 오전 0시가 되면 방문해 당분간 계속 된 후에 아침이 된다.
　 이 그림자 시간이 시작되면, 보통 인간은 관을 닮은 오브제로 바뀌어, 그 사이의 일을 아무것도 느껴지지 않게 된다.그림자 시간을 자유롭게 움직일 수 있는 것은, 그림자 시간의 거주자인 「그림자」라고 불리는 괴물들만.그리고 불행하게도 그림자 시간에 「떨어졌다」인간은, 그림자에 정신을 먹혀벼려 폐인이 되어 버린다.

　주인공과 그 동료들은, 그 그림자 시간에서도 행동할 수 있는 「적정」을 찾아내진다.한층 더 동료들은 각자가, 그림자를 멸하기 위한 유일한 힘 「페르소나 능력」을 각성 시킨다.

　주인공들은, 낮에는  보통 학생 생활로서 친구나 선배, 후배와 함께 「사립 달빛관학원」에서 생활해, 밤은 모두 싸우는 같은 종류로서 그림자 토벌을 해나간다.

　주인공의 생활 모든 시간대를 그려 가는 「페르소나 3」.아침·오전·낮·오후·방과후·밤, 그리고 그림자 시간이라고 하는 1일을 몇개의 시간대로 나누어 그 중에 어떻게 행동해 나갈까는, 플레이어 나름이 된다.
　
　 아침부터 낮의 사이는, 학생 생활이 그려진다.친구와의 등교나 학원에서의 수업, 쉬는 시간을 구내에서 보내는 등, 보통 학생으로서의 생활이 체험할 수 있다.물론 다양한 장소나 이벤트도 준비되어 있다.

　주인공은 기숙사생활을 하고 있어서  여기서 생활을 같이 하는 동료도, 그림자와 싸우는 동료이다.여기서 그림자에 관한 정보의 교환이나, 페르소나의 정보등의 교환을 할 수 있다.
　 덧붙여서 주인공은 4월부터 전입해 온 2 학년.기숙사에서 생활을 시작하자마자 , 「그림자」의 습격에 맞아, 그것이 계기로 「페르소나」가 각성 한다.
　 자유롭게 페르소나를 체인지 하면서 싸울 수 있는 특별한 능력이기 때문에, 곧 경의를 표해지는 존재가 되어, 「특별 과외 활동부」의 리더적인 역할을 이루어 가게 된다.덧붙여서 제일 처음에 붙이는 페르소나는 「오르페우스」.

　그림자에 대항할 수 있는 유일한 힘인 「페르소나」.「페르소나」는 취급하는 사람의 마음의 힘을 나타내고 있다.이 「페르소나」는 게임중 여러 장소에 존재하는 「커뮤니티」의 인간과 정이 깊어지는 것으로, 스스로의 「마음」이 단련되어 거기에 응해 「페르소나」가 강하게 되어 간다.

　구체적으로는, 여러가지 곳에 존재하는 「코뮤캐라크타」라고 회화하는 것으로, 사이가 좋아져, 이것에 의해서 「커뮤니티」의 레벨이 올라 간다.
　 「코뉴니티」레벨이 오르면, 합체 시에 페르소나를 강화할 수 있다.